http://farsi.khamenei.ir/themes/fa_def/images/home/rect-1-n.gif نخستین دستگیری (ایام ۱۵ خرداد)
در سال ۱۳۴۲ و در آستانه‌ی ماه محرم، امام خمینی وی را مأمور ساخت پیامهایی را به آیت‌الله میلانی و علما، روحانیون و هیأتهای مذهبی خراسان در جهت تداوم نهضت و آگاه‌سازی مردم در قبال تبلیغات رژیم پهلوی انتقال دهد[۳۵] . امام خمینی در این پیامها خط‌مشی مبارزه را ترسیم کرده و از علما و روحانیون خواسته بود به منظور تبیین جنایات رژیم پهلوی، ذکر واقعه‌ی مدرسه‌ی فیضیه از روز هفتم محرم در منابر خوانده شود[۳۶] . آیت‌الله خامنه‌ای خود نیز برای محقق ساختن هدف و اجرای خط‌مشی امام خمینی راهی بیرجند ــ که تحت نفوذ خاندان علم بود ــ شد و در منابر و مجالس آن شهر درباره‌ی حادثه‌ی مدرسه‌ی فیضیه و سلطه‌ی اسرائیل بر جوامع اسلامی سخنرانی کرد[۳۷] . به دنبال این سخنرانی‌ها، وی در ۱۲ خرداد ۱۳۴۲ مقارن با هفتم ماه محرم ۱۳۸۳، دستگیر و در مشهد زندانی شد[۳۸] . پس از آزادی وی، آیت‌الله محمدهادی میلانی از او دیدن کرد[۳۹] . آیت‌الله خامنه‌ای پس از آن با حضور در جلساتی که در منزل آیت‌الله میلانی به منظور تداوم نهضت اسلامی در غیاب امام خمینی ــ‌که در حصر به سر می‌برد ـ تشکیل می‌شد، فعالیتهای سیاسی‌اش را تداوم بخشید[۴۰] . اندکی پس از آن به حوزه‌ی علمیه‌ی قم بازگشت و با کمک و همکاری برخی روحانیون مبارز به سازمان‌دهی مجدد فعالیتهای سیاسی از طریق جلسات مشورتی و تبلیغات پرداخت[۴۱] . او از جمله روحانیونی بود که در ۱۱ دی ۱۳۴۲ تلگرامی به آیت‌الله سید محمود طالقانی، مهدی بازرگان و یدالله سحابی، که در حمایت از امام خمینی زندانی شده بودند، فرستاد[۴۲] . در همان زمان طلاب خراسانی حوزه‌ی علمیه‌ی قم با هدایت او، در اعتراض به ادامه‌ی حصر امام خمینی نامه‌ای به حسنعلی منصور، نخست‌وزیر وقت، نوشته و منتشر کردند که از جمله‌ی آنها خود ایشان و ابوالقاسم خزعلی و محمد عبایی خراسانی بودند[۴۳] .

http://farsi.khamenei.ir/themes/fa_def/images/home/rect-1-n.gif دومین بازداشت (سفرهای انقلابی)
ایشان در بهمن ۱۳۴۲، مقارن با رمضان ۱۳۸۳ق برای تبلیغ و تبیین مسائل نهضت اسلامی راهی زاهدان شد[۴۴] . سخنرانیهای او در مساجد زاهدان و استقبال مردمی از آن، رژیم را بر آن داشت که ایشان را دستگیر و به زندان قزل قلعه ـ که در آن زمان محل بازداشت زندانیان سیاسی و امنیتی بود ــ منتقل نماید[۴۵] . در ۱۴ اسفند ۱۳۴۲ قرار بازداشت آیت‌الله خامنه‌ای به قرار التزام به عدم خروج از حوزه‌ی قضایی تهران تبدیل و ایشان از زندان آزاد شد[۴۶] . از این پس تا پیروزی انقلاب اسلامی فعالیتهای وی همواره تحت کنترل مأموران امنیتی قرار داشت.

http://farsi.khamenei.ir/themes/fa_def/images/home/rect-1-n.gif تشکیل جلسه «یازده نفره» حوزه علمیه قم
آیت‌الله خامنه‌ای در پاییز ۱۳۴۳ از قم به مشهد بازگشت و در کنار مراقبت از پدر به فعالیتهای علمی و سیاسی پرداخت[۴۷] . او در زمره‌ی روحانیونی بود که اندکی پس از تبعید امام خمینی به ترکیه با نگارش نامه‌ای به دولت وقت ــ دولت امیرعباس هویدا ــ در ۲۹ بهمن ۱۳۴۳ به اوضاع نابسامان کشور و تبعید امام خمینی اعتراض کردند[۴۸] . سیدعلی خامنه‌ای به همراه عبدالرحیم ربانی شیرازی، علی فیض مشکینی، ابراهیم امینی، مهدی حائری تهرانی، حسینعلی منتظری، احمد آذری قمی، علی قدوسی، اکبر هاشمی رفسنجانی، سید محمد خامنه‌ای و محمدتقی مصباح یزدی[۴۹] . اعضای گروه یازده نفر بودند که با هدف تقویت و اصلاح حوزه‌ی علمیه‌ی قم برای مبارزه با رژیم پهلوی شکل گرفت. مبارزه بر مبنای فکر و عقیده بود و همین امر علت پیشرفت آن بود و روحانیون نیز به منزله‌ی بدنه و مغز متفکر مبارزه بودند. آنان در این مرحله از مبارزه به این نتیجه رسیده بودند که بدون تشکل، موفقیت کمتری خواهند داشت و وجود آن موجب می‌شود که از فروپاشی مبارزه توسط رژیم جلوگیری شود. این گروه در دوران تبعید امام خمینی، برنامه‌ریزی جریان مبارزات و تداوم آن را بر عهده گرفت. از این گروه به‌عنوان اولین تشکیلات سری حوزه‌ی علمیه‌ی قم یاد می‌شود، فعالیت این گروه در اواخر سال ۱۳۴۵ش توسط ساواک کشف و به دنبال آن برخی از اعضا دستگیر و برخی دیگر، از جمله آیت‌الله خامنه‌ای تحت تعقیب قرار گرفتند.

http://farsi.khamenei.ir/themes/fa_def/images/home/rect-1-n.gif بنیان‌گذاری جامعه مدرسین حوزه علمیه قم
در کنار این، جلسه دیگری هم راه افتاده که بنیان جامعه مدرسین امروز است. «ما جزو کسانی هستیم که در اولین نشست‌های جامعه مدرسین عضو بودیم، شرکت داشتیم. هم بنده بودم، هم به نظرم آقای هاشمی بود... آقایان [علی] مشکینی، ربانی‌شیرازی، [ناصر] مکارم و... یک عده مسن‌ترها هم شرکت می‌کردند.»[۴۵] 
این جلسه‌ها و تصمیماتی که در آن گرفته می‌شد، فضای حوزه علمیه قم را تغییر داد. پا به رکاب‌ها و دست‌اندرکاران این تصمیمات، کسانی غیر از اعضاء جلسه بودند؛ طلبه‌های جوان و علاقمند. این تحرکات فضای بسته و مغموم قم را باز کرد.
آیت‌الله خامنه‌ای در همین ایام مخفیانه به ترجمه و انتشار کتاب آینده در قلمرو اسلام اقدام کرد. در این کتاب به دو موضوع مهم فشار غرب و تبلیغات کمونیسم اشاره شده و دورنمایی از آینده که به سمت اسلام پیش می‌رود، آمده است[۵۰] . ساواک کتاب را توقیف و افراد مرتبط با انتشار آن را دستگیر کرد اما موفق به دستگیری و بازداشت آیت‌الله خامنه‌ای (مترجم کتاب) نشد[۵۱] . آیت‌الله خامنه‌ای در آن ایام مدتی در تهران و کرج به فعالیت مشغول بود. اما به علت ندادن تعهد بر عدم اظهار مطالب ضد رژیم از فعالیتش در کرج ممانعت به عمل آمد. در مسجد امیرالمؤمنین (ع) تهران هم مدتی به امامت جماعت پرداخت.

http://farsi.khamenei.ir/themes/fa_def/images/home/rect-1-n.gif سومین بازداشت
در پی دستگیری و تبعید آیت‌الله سید حسن قمی در فروردین ۱۳۴۶ که به دنبال سخنرانی ضد رژیم او در مسجد گوهرشاد صورت گرفت، آیت‌الله خامنه‌ای از آیت‌الله میلانی خواست به این اقدام اعتراض کند[۵۲] . این اقدام وی سبب شد مأموران ساواک از حضور او در مشهد اطلاع یافته و در ۱۴ فروردین همان سال، در مراسم تشییع جنازه‌ی آیت‌الله شیخ مجتبی قزوینی، وی را دستگیر کنند[۵۳] . او در ۲۶ تیر همان سال آزاد شد[۵۴] . اندکی پس از آزادی، در تهران به ملاقات زندانیان سیاسی رفت. [۵۵] 
آیت‌الله خامنه‌ای از طریق ارتباط با مبارزین در نقاط مختلف، سعی در تشکل بخشیدن به مبارزین و مبارزه، تربیت نسل‌های جدید مبارزین و انقلابیون براساس اندیشه اسلامی خصوصاً بین طلاب علوم دینی و دانشجویان، سعی در اخذ مبانی مبارزه از قرآن و حدیث، مقابله با اندیشه‌های مادیگرایانه مارکسیستی و لیبرالیستی و امثال آن، به تعمیق اندیشه اسلامی و مبارزه در چهارچوب نهضت امام خمینی پرداخت و علیرغم مقابله رژیم پهلوی به موفقیت‌های زیادی دست یافت. نگاه چندبُعدی به مبارزه، استفاده از شبکه عظیم اطلاع‌رسانی نهضت امام خمینی و رسانه فراگیر منبر و عملگرایی‌اش، از برخی علل موفقیت ایشان بوده است.
در پی وقوع زمین‌لرزه‌ی ویرانگر جنوب خراسان در ۹ شهریور ۱۳۴۷ عده‌ای از روحانیون خراسان به سرپرستی آیت‌الله خامنه‌ای با هدف امداد و سامان‌دهی کمکهای مردمی به زلزله‌زدگان، عازم فردوس شدند. این اقدام با مخالفت مقامات امنیتی محلی روبه‌رو شد اما گروه امداد اقدامات مؤثری در کمک‌رسانی به زلزله‌زدگان انجام داد. حضور و کمک‌رسانی دو ماهه‌ی آیت‌الله خامنه‌ای در فردوس فرصتی پدید آورد تا با مشکلات مردم زلزله‌زده از نزدیک آشنا شود و با آنان مأنوس گردد و در مجالس و منابر و همچنین هیئتهای مذهبی، پیام نهضت اسلامی را برای مردم آن سامان تبیین کند. این فعالیت‌ها حساسیت شهربانی و ساواک خراسان را برانگیخت و به اقامتش در فردوس پایان داده شد[۵۶] . او در اواخر دی‌ماه همان سال به قصد زیارت عتبات عالیات و دیدار با امام خمینی (ره) اقدام کرد اما با مخالفت و ممانعت ساواک روبه‌رو شد. این محدودیت تا پیروزی انقلاب اسلامی ادامه داشت و وی ممنوع‌الخروج بود. [۵۷] 

http://farsi.khamenei.ir/themes/fa_def/images/home/rect-1-n.gif محکومیت به شش ماه حبس
آیت‌الله خامنه‌ای به اتهام عضویت در گروه یازده نفره به شش ماه زندان محکوم گردید. به دنبال انتشار این خبر در روزنامه‌ی کیهان و احضار آیت‌الله خامنه‌ای به دادگاه تجدید نظر، وی پس از مشورت با عده‌ای از علمای مشهد از حضور در دادگاه خودداری ورزید[۵۸] . او با آنکه تحت پیگرد بود با برخی از روحانیون مبارز ازجمله سید محمود طالقانی، سید محمدرضا سعیدی، محمدجواد باهنر، محمدرضا مهدوی‌کنی، مرتضی مطهری، اکبر هاشمی رفسنجانی و فضلالله محلاتی در مشهد و تهران ارتباط داشت و به رغم اقامت در مشهد در بسیاری از جلسات علما و روحانیون مبارز تهران حضور می‌یافت[۵۹] . او با تشکیل جلساتی با حضور عده‌ای از روحانیون درباره‌ی اعزام روحانیون و طلاب به روستاهای اطراف مشهد تصمیم‌گیری و اقدام میکرد[۶۰] .
آیت‌الله خامنه‌ای با نگاه عقیدتی به نهضت اسلامی و پرورش فکری مردم برآن مبنا، مبارزات خود را ادامه داد. او با برگزاری جلسات تفسیر برای طلاب علوم دینی و دانشجویان و ایراد سخنرانی برای اقشار مختلف مردم می‌کوشید مبانی دینی ـ اعتقادی آنان را تقویت نماید. او معتقد بود تحقق آرمانهای اسلامی در بستری از کوششهای فرهنگی ممکن است و خیزشهای مردمی جز با گسترش آگاهی و دانایی محقق نخواهد شد. جریان روشنفکری جریان فعال و مبارز در دانشگاهها تلقی می‌شد. این رویکرد را در واکنش به فعالیتهای جریانهای سیاسی معتقد به تفکر مارکسیستی، ضروری می‌دانست. در این زمینه فعالیتهای علمی و جلساتی را با شرکت مبارزان و متفکران اسلامی در سال ۱۳۴۸ برگزار کرد[۶۱] .

http://farsi.khamenei.ir/themes/fa_def/images/home/rect-1-n.gif سخنرانی‌ها در حسینیه ارشاد و مسجد الجواد تهران
آیت‌الله خامنه‌ای با بسیاری از روشنفکران و کانونهای روشنفکری مشهور در عرصه‌ی مبارزه نیز ارتباط و همکاری داشت. وی در سال ۱۳۴۸ به منظور تبیین مباحث تأثیرگذار در روند مبارزه به ایراد سخنرانیهایی در برخی مراکز فعال سیاسی ـ اسلامی در تهران از جمله حسینیه‌ی ارشاد و مسجد الجواد تهران دعوت شد[۶۲] . سخنرانیهای وی در حسینیه‌ی ارشاد که در اواخر سال ۱۳۴۸ و به دنبال دعوت آیت‌الله مرتضی مطهری از وی صورت گرفت و نیز سخنرانی در مسجد الجواد تهران، به دعوت انجمن اسلامی مهندسین، تأثیر زیادی در روشنگری نسل جوان، به ویژه دانشجویان و دانش‌آموزان داشت[۶۳] . آیت‌الله خامنه‌ای در بهار ۱۳۴۹ در جهت عمق بخشیدن به روند نهضت اسلامی و تقویت بن‌مایه‌های عقیدتی مبارزه با رژیم پهلوی، سلسله جلساتی را پایه‌گذاری کرد که در آن ایده‌ی مبارزاتی خود مبنی بر تدوین جهانبینی و ایدئولوژی اسلامی را با دعوت از افرادی چون مرتضی مطهری، سید محمود طالقانی، سید ابوالفضل زنجانی، مهدی بازرگان، اکبر هاشمی رفسنجانی، یدالله سحابی، عباس شیبانی و کاظم سامی به بحث و بررسی گذاشت. این سلسله‌جلسات به تدوین جهان‌بینی و ایدئولوژی اسلامی انجامید[۶۴] .

http://farsi.khamenei.ir/themes/fa_def/images/home/rect-1-n.gif چهارمین بازداشت
با درگذشت آیت‌الله سید محسن حکیم در خرداد ۱۳۴۹ بحث مرجعیت که در گذشته پس از رحلت آیت‌الله بروجردی مطرح شده بود، به صورت جدی در جامعه مطرح گردید و در این میان آیت‌الله خامنه‌ای ضمن گرامی‌داشت مقام فقهی و علمی آیت‌الله حکیم و ارسال پیامهای تسلیت به برخی از علما، تلاش مضاعفی برای تحکیم مرجعیت امام خمینی به عنوان مرجع تقلید اعلم انجام داد. در همان ایام و به دنبال شهادت آیت‌الله سید محمدرضا سعیدی در ۲۰ خرداد ۱۳۴۹ توسط ساواک که از مهم‌ترین مروجین امام خمینی در آن مقطع بود، تلاش کرد به همراه شمار دیگری از مبارزان ضمن هدایت واکنشهای مردمی در اعتراض به شهادت وی، از موقعیت پدید آمده به نفع مبارزه بهره ببرد. بر اثر جریان‌سازی وی در این برهه بود که عده‌ای از طلاب علوم دینی به تهیه و انتشار اعلامیه‌هایی در حمایت از امام خمینی و انتقاد از رژیم و ساواک اقدام کردند[۶۵] . به دنبال آن و با گسترش دامنه‌ی اعتراضات و مبارزات [۶۶] ساواک مشهد در ۲ مهر ۱۳۴۹ دستگیر و مدتی در زندان لشکر خراسان ـ تنها زندان امنیتی مشهد ـ بازداشت کرد[۶۷] . در محرم ۱۳۹۱/ اسفند ۱۳۴۹ با آنکه نام آیت‌الله خامنه‌ای در فهرست واعظان ممنوع‌المنبر ساواک قرار گرفته بود وی سخنرانیهایی در هیئت انصارالحسین تهران ایراد کرد[۶۸] . آیت‌الله خامنه‌ای در سال ۱۳۵۰ به دعوت آیت‌الله طالقانی سخنرانی‌هایی در مسجد هدایت تهران، که کانون توجه دانشجویان و جوانان مبارز بود، ایراد کرد[۶۹] .

http://farsi.khamenei.ir/themes/fa_def/images/home/rect-1-n.gif سه مرتبه بازداشت در سال ۱۳۵۰
در پی تحریم جشنهای ۲۵۰۰ ساله از سوی امام خمینی[۷۰] ساواک مراقبتهای شدیدی نسبت به فعالیت روحانیون مبارز در پیش گرفت. بر این اساس وی در مرداد ۱۳۵۰ به ساواک مشهد احضار و مدتی در زندان لشکر خراسان بازداشت شد[۷۱] . او پس از آزادی، فعالیتهای خود را ادامه داد و در همان سال دو بار دیگر نیز بازداشت شد؛ یکی در آبان ۱۳۵۰ که به بازداشت کوتاه‌مدت وی در زندان لشکر خراسان انجامید. دیگری در ۲۱ آذر همان سال که به اتهام اقدام برضد امنیت داخلی به سه ماه حبس محکوم گردید[۷۲] .

http://farsi.khamenei.ir/themes/fa_def/images/home/rect-1-n.gif ادامه جلسات درس در تهران، مشهد و نیشابور
وی پس از آزادی، فعالیتهای سیاسی ـ اجتماعی خود را گسترش داد و بارها در جلسات هیئت انصارالحسین و مسجد نارمک تهران حضور یافت و سخنرانیهایی در موضوعات دینی و سیاسی ایراد کرد. جلسات درس و تفسیر او در مدرسه‌ی میرزاجعفر و مسجد امام حسن (ع) و مسجد قبله و نیز در منزلش در مشهد ادامه داشت. مخاطب او در این جلسات دانش‌آموزان، دانشجویان، طلاب جوان و گروههایی از اقشار مختلف مردم بودند که وی آنان را با تفکر اسلام انقلابی و سیاسی آشنا می‌ساخت. عده زیادی از مخاطبان جلسات و شاگردان او بعدها در اوج مبارزات در نقاط مختلف کشور به آگاهی‌بخشی پرداختند. گزارشهای جلسات سخنرانی و درس او بارها از سوی مأموران امنیتی منعکس شده است. از نظر ساواک، افرادی چون آیت‌الله خامنه‌ای از مدرسان روشنفکر و انقلابی حوزه‌های علمیه تلقی می‌شدند که ضمن داشتن ارتباط با دانشجویان و جوانان، مروج اندیشه‌های مبارزاتی امام خمینی و خواستار آگاه ساختن طلاب علوم دینی به مسائل سیاسی و اجتماعی بودند[۷۳] .
آیت‌الله خامنه‌ای در فروردین ۱۳۵۲ برای تبلیغ عازم نیشابور شد و در مساجد آن شهر سلسله‌جلسات درس اصول عقاید را، که هفته‌ای یک بار در روزهای سه‌شنبه برگزار می‌شد، دایر کرد[۷۴] . در خرداد ۱۳۵۲ ساواک جلسات تفسیرش در مسجد امام حسن (ع) و منزلش را تعطیل کرد[۷۵] . آیت‌الله خامنه‌ای در آذر ۱۳۵۲ محل اقامه‌ی نماز جماعت و جلسات تفسیر خود را به دعوت بانی و واقف مسجد کرامت، به آن مسجد انتقال داد و مسجد یادشده را به کانون فعالیت دانشجویان و طلاب جوان تبدیل کرد[۷۶] . ساواک مشهد در واکنش به فعالیتهای سیاسی گسترده‌ی او، او را از اقامه‌ی نماز جماعت در آن مسجد باز داشت[۷۷] .

http://farsi.khamenei.ir/themes/fa_def/images/home/rect-1-n.gif زندان ششم؛ سخت‌ترین دوره حبس
در آبان ۱۳۵۳ به دعوت آیت‌الله محمد مفتح، امام جماعت مسجد جاوید تهران، که در آن ایام ممنوع‌المنبر شده بود، در آن مسجد به سخنرانی پرداخت. در پی آن ساواک به دستگیری آیت‌الله مفتح و تعطیلی مسجد جاوید به عنوان یکی از کانونهای مهم مبارزه اقدام کرد[۷۸] . به دنبال آن، منزل آیت‌الله خامنه‌ای هم در آذر ماه همان سال مورد بازرسی ساواک قرار گرفت. ساواک علت بازرسی را، اظهارات وی در جلسه‌ای خصوصی درباره‌ی ضرورت ایجاد جمعیتی برای سامان‌دهی مبارزه و استفاده از فرصتها برای پیشبرد اهداف نهضت اسلامی در مشهد اعلام نمود[۷۹] . در نهایت آیت‌الله خامنه‌ای در  دی ۱۳۵۳ برای ششمین بار دستگیر و این بار به زندان کمیته‌ی مشترک ضدخرابکاری در تهران منتقل گردید[۸۰] و به گفته خود دشوارترین و سخت‌ترین وضعیت‌ حبس خود را تجربه کرد.او در حبس، اجازه‌ی ملاقات نداشت و از وضعیت و محل حبس او اطلاعی به خانواده‌اش نیز داده نشده بود[۸۱] .

http://farsi.khamenei.ir/themes/fa_def/images/home/rect-1-n.gif فعالیت‌های منجر به تبعید
او در ۲ شهریور ۱۳۵۴ از زندان آزاد شد، اما تحت مراقبت مأموران امنیتی بود و اقامه‌ی جماعت، سخنرانی، تدریس و جلسات تفسیر وی حتی در منزلش ممنوع شده بود[۸۲] . اما او به‌رغم همه‌ی محدودیتهای سیاسی و امنیتی جلسات تفسیر و فعالیتها و اقدامات روشنگرانه‌ی انقلابی خود را به صورت مخفیانه پیگرفت و پرداخت شهریه‌ی امام خمینی به طلاب علوم دینی را نیز ادامه داد[۸۳] . در اواخر سال ۱۳۵۴ مخفیانه کتاب طرح کلی اندیشه‌ی اسلامی در قرآن را با نام مستعار سیدعلی حسینی منتشر کرد. او در خرداد ۱۳۵۵، به دنبال وقوع سیل در قوچان، گروهی را تشکیل داد که از مشهد برای کمکرسانی به مردم سیل‌زده به آن شهر اعزام شده و با استقرار در مدرسه‌ی عوضیه‌ی آن شهر به امدادرسانی پرداختند[۸۴] .
در اسناد ساواک گزارش‌هایی درباره‌ی فعالیتهای سیاسی آیت‌الله خامنه‌ای و پدرش در اواخر سال ۱۳۵۵ در مشهد وجود دارد که به طرف‌داری از امام خمینی و تبلیغ نهضت اسلامی پرداخته‌اند. آیت‌الله خامنه‌ای در محرم ۱۳۹۶/دی ۱۳۵۵ سخنرانیهایی علیه رژیم ایراد کرد و ضمن برگزاری سلسله‌جلسات مباحثه درباره‌ی تبیین فضای فکری ـ فرهنگی، به‌ویژه برای دانشجویان و جوانان[۸۵] و نیز حضور در جلسات علما و روحانیون تهران روند مبارزه را شدت بخشید[۸۶] . از سوی دیگر، ساواک هم می‌کوشید برای به دست آوردن مستنداتی علیه او و مبارزان دیگر در آن جلسات نفوذ کند[۸۷] . به دنبال درگذشت علی شریعتی در لندن در ۲۹ خرداد ۱۳۵۶ آیت‌الله خامنه‌ای در بزرگداشت و مراسم ترحیم وی حضور داشت. این حضور او به دلیل آشنایی و ارتباط دیرینه‌اش با شریعتی و پدرش بود[۸۸] .

http://farsi.khamenei.ir/themes/fa_def/images/home/rect-1-n.gif تبعید به ایرانشهر
به دنبال درگذشت آیت‌الله سید مصطفی خمینی در اول آبان ۱۳۵۶ در نجف اشرف، آیت‌الله خامنه‌ای به همراه برخی از مبارزان مراسم ختمی در ۶ آبان در مسجد ملاهاشم برپا کرد[۸۹] . همان ایام به همراه عده‌ای از علمای مشهد تلگرام تسلیتی به امام خمینی در نجف مخابره کردند[۹۰] . با درگذشت آیت‌الله سید مصطفی خمینی و تحولاتی که در پی آن پدید آمد، نهضت اسلامی وارد مرحله‌ی نهایی خود شد و حرکتهای جدی برای پیروزی انقلاب آغاز گردید.

رژیم پهلوی هم در واکنش به این فعالیتها، به‌رغم اعلام سیاست فضای باز سیاسی، با سرکوب و خفقان فعالیتهای مبارزان را محدودتر کرد. به دنبال اجرای این سیاست، برخی از مبارزان سرشناس به تبعید محکوم شدند که آیت‌الله خامنه‌ای هم در زمره‌ی آنان بود. او از سوی کمیسیون امنیت اجتماعی خراسان به سه سال تبعید در ایرانشهر محکوم گردید[۹۱] و مأموران ساواک در ۲۳ آذر ۱۳۵۶ به منزل او یورش برده و او را دستگیر و به ایرانشهر انتقال دادند. هدف رژیم از این اقدام، قطع ارتباط او با مردم و مبارزان و به دنبال آن، عدم توفیق وی در امر مبارزه و افشاگری علیه حکومت بود[۹۲] . اما وی  به علت تعامل با اهل تسنن اشتهار و محبوبیتی در میان مردم ایرانشهر یافت و با بهره‌گیری از این فرصتها پیام انقلاب را به مردم دورترین نقاط کشور رساند[۹۳] . سخنرانیهای او در مسجد آل‌رسول ایرانشهر و رفت و آمد علما و روحانیون مبارز، نیروهای انقلابی و اقشار مختلف مردم به منزل او، عوامل امنیتی را بر آن داشت که فعالیتهای او را محدود سازند و از رفت و آمد مردم ممانعت به‌عمل آورند[۹۴].

او در ۱۹ فروردین ۱۳۵۷ در پی کشتار مردم در یزد، در نامه‌ای به آیت‌الله محمد صدوقی این اقدام وحشیانه‌ی رژیم پهلوی را محکوم کرد و ضمن ترغیب مردم به ادامه‌ی مبارزه، یاد شهدای آن حادثه را گرامی داشت[۹۵] . این نامه به صورت اعلامیه در سراسر کشور پخش گردید[۹۶] .

وقوع سیل در ایرانشهر در ۱۱ تیر۱۳۵۷ موقعیتی فراهم آورد تا آیت‌الله خامنه‌ای با توجه به تجربیات پیشینش، مدیریت تنها گروه امدادی را عهده‌دار شود. وی با هماهنگی‌هایی که با روحانیون شهرهای مختلف از جمله یزد و مشهد داشت، توانست کمکهای مردمی را از اقصا نقاط ایران جذب و در بین سیل‌زده‌ها تقسیم کند[۹۷] .

آیت‌الله خامنه‌ای در دوران تبعید ارتباط خود را با مبارزان و علمای تراز اول مبارزه در شهرهای ایران حفظ کرد و پیوسته مکاتباتی درباره‌ی نهضت اسلامی با آنان داشت و از این طریق در جریان بسیاری از حوادث و رخدادها قرار می‌گرفت و با نامه‌نگاریهای گوناگون در بسیاری از تصمیم‌گیریهای جمعی علما مشارکت می‌کرد.

http://farsi.khamenei.ir/themes/fa_def/images/home/rect-1-n.gif تبعید به جیرفت
با اوج‌گیری انقلاب اسلامی در آستانه‌ی ماه رمضان، ۲۸ شعبان ۱۳۹۸/ ۲۸ تیر۱۳۵۷، شماری از طلاب حوزه‌ی علمیه‌ی مشهد به ادامه‌ی تبعید آیت‌الله خامنه‌ای اعتراض و خواستار بازگشت وی به مشهد شدند که به دخالت مأموران انتظامی انجامید[۹۸]. گسترش فعالیتهای انقلابی و مردمی آیت‌الله خامنه‌ای در راستای جهت‌دهی و سامان‌دهی مبارزه در ایرانشهر و مناطق و شهرهای اطراف از یک سو، و محبوبیت و نفوذ روزافزون وی در میان اقشار مختلف مردم آن سامان از سوی دیگر، مقامات امنیتی را بر آن داشت تا محل تبعید وی را به جیرفت که در مقایسه با ایرانشهر دورافتاده و دارای محدودیت‌های بیشتری بود، تغییر دهند. لذا وی در ۲۲ مرداد به جیرفت انتقال یافت[۹۹] .

مبارزات سیاسی آیت‌الله خامنه‌ای در جیرفت هم متوقف نماند و او از همان آغاز ورود به آن شهر با سخنرانی در مسجد جامع به افشاگری علیه حکومت پهلوی پرداخت. یکی از سخنرانیها، که در ۱۵ شهریور ۱۳۵۷ صورت گرفت، به برپایی تظاهرات و سردادن شعارهای انقلابی توسط مردم منجر شد[۱۰۰] . این اتفاق زمانی روی داد که هنوز تظاهرات و راهپیمایی در شهرهای کوچک معمول نشده بود. او در شمار روحانیون تبعیدی‌ای بود که در نامه‌ای به آیت‌الله سیدعبدالحسین دستغیب، ضمن تشریح حوادث کشور و ذکر جنایات رژیم پهلوی در شیراز، مشهد، اصفهان و جهرم راهکارهایی را برای تداوم نهضت اسلامی تا سرنگونی حکومت پهلوی ارائه دادند[۱۰۱] . وی در این دوره، مخفیانه عازم کهنوج شده، سخنرانیهای افشاگرانه‌ای ایراد کرد[۱۰۲] .

http://farsi.khamenei.ir/themes/fa_def/images/home/rect-1-n.gif بازگشت به مشهد
با گسترش مبارزات مردمی و ازهم‌گسیختگی ارکان رژیم و ناتوانی آن در مهار روند انقلاب، آیت‌الله خامنه‌ای در اول مهر ۱۳۵۷ از جیرفت به مشهد مراجعت کرد و در آنجا فعالیت‌های خود را در امر سامان‌دهی امور انقلاب و تشدید روند مبارزه و پیگیری مسائل گوناگون نهضت ادامه داد[۱۰۳] . در ایام اقامت امام خمینی در فرانسه، با ارسال تلگرامی به همراه برخی از روحانیون مبارز مشهد، اقامت موقت امام در فرانسه را عاملی برای پدید آمدن موجی از امید و تصمیم و قاطعیت در دل مردم و نشانی از عزم و اراده‌ی راسخ امام در راه نجات امت مسلمان ایران عنوان کرده و از ایشان تقاضا کردند دستورات لازم را برای ادامه‌ی مبارزه صادر کند. در پایان نیز خواستار بازگشت امام خمینی به ایران شدند[۱۰۴] .

فعالیتهای مبارزاتی آیت‌الله خامنه‌ای در مشهد در مدت اندکی شتاب بیشتری به خود گرفت و او ضمن سازمان‌دهی حرکتها و تظاهرات مردمی، سخنرانیهای افشاگرانه‌ای را در اجتماعات مردم مشهد ایراد کرد[۱۰۵] . در عین ‌حال با بیت امام و دیگر مبارزان در ارتباط و مشورت دائم بود. پیرو همین ارتباط بود که سید احمد خمینی در ۱۰ آبان ۱۳۵۷ از پاریس با آیت‌الله صدوقی تماس گرفت و تمایل امام خمینی برای ملاقات با وی و آیت‌الله خامنه‌ای را اعلام کرد[۱۰۶] . آیت‌الله خامنه‌ای در شمار روحانیونی بود که با سخنرانی در ورزشگاه سعدآباد مشهد در اجتماع بزرگ فرهنگیان آن شهر خواستار بازگشت امام خمینی و تشکیل حکومت اسلامی شد[۱۰۷] . او در آخرین روزهای آبان همراه با سیدعبدالکریم هاشمی‌نژاد با عزیمت به شهرستانهای قوچان، شیروان و بجنورد و برپایی جلسات سخنرانی به تقویت جریان انقلاب در آن شهرها همت گماشت. فعالیتهای روزافزون و تأثیرگذار آیت‌الله خامنه‌ای در مشهد، مقامات امنیتی رژیم پهلوی را بر آن داشت که ایشان را دستگیر نمایند. در گزارشهای ساواک از آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان یکی از پرچمداران برجسته‌ی انقلاب در خراسان نام برده شده است[۱۰۸] .

http://farsi.khamenei.ir/themes/fa_def/images/home/rect-1-n.gif سخنرانی عاشورای ۵۷ در حرم امام رضا
وی در ۱۹ و ۲۰ آذر ۱۳۵۷ هم‌زمان با تاسوعا و عاشورای حسینی سخنرانی پرشوری در اجتماع بزرگ راه‌پیمایان مشهد ایراد کرد و خطبه‌ی شب عاشورا را در حرم مطهر امام‌رضا (ع) به نام امام خمینی خواند و با این اقدام انقلابی تابوی سنتی حکومت پهلوی را که تا پیش از آن، مراسم مذکور را به صورت تشریفاتی و با دعا برای محمدرضا پهلوی اجرا می‌کرد، در هم شکست[۱۰۹] . همچنین او در روز عاشورا تظاهرات عظیم مردم مشهد را سامان‌دهی کرد و در اجتماع بزرگ آنان به سخنرانی پرداخت[۱۱۰] . وی در شمار روحانیونی بود که در ۲۴ آذر در اعتراض به حمله‌ی مأمورین رژیم پهلوی به بیمارستان شاهرضای مشهد (امام رضا (ع) کنونی) برنامه‌ی تحصن در بیمارستان مزبور را مطرح کرد[۱۱۱] . در مسیر حرکت آنان برای تحصن بسیاری از مردم نیز به آنان پیوستند و در شمار متحصنین قرار گرفتند[۱۱۲] . متحصنین با صدور اعلامیه‌ای ضمن تشریح جنایات عوامل حکومت پهلوی، مجازات آنان را خواستار شدند[۱۱۳] و بر سرنگونی حکومت پهلوی و بازگشت امام خمینی تأکید کردند. این اقدام آنان بازتاب گستردهای یافت و اعلامیه‌های متعددی در همبستگی و حمایت از آنها در سراسر ایران منتشر شد[۱۱۴] .

http://farsi.khamenei.ir/themes/fa_def/images/home/rect-1-n.gif تظاهرات ۹ دی ۵۷ مشهد
آیت‌الله خامنه‌ای در ۹ دی ۱۳۵۷ به همراه عده‌ای از علمای مبارز مشهد پیشاپیش جمعیت انبوهی از مردم به منظور همراه ساختن کارکنان استانداری خراسان با جریان انقلاب به سوی ساختمان استانداری حرکت کردند. اما علیرغم تلاشهای مسالمت‌آمیز آنها نیروهای انتظامی مستقر در استانداری به سوی مردم آتش گشودند. به دنبال آن جمعیت تظاهرکننده به خیابانها ریخته و برخی ساختمانها و مراکز دولتی را به آتش کشیدند. شب حادثه، علمای مشهد از جمله آیت‌الله خامنه‌ای با تشکیل جلسه‌ای کوشیدند مانع درگیری و کشتار بیشتر مردم در روز بعد بشوند، ولی عوامل رژیم پهلوی با قتل‌عام مردم تظاهرکننده فاجعه‌ی یکشنبه‌ی خونین ۱۰ دی ۱۳۵۷ را به بار آوردند[۱۱۵] . به دنبال وقوع این حوادث، آیت‌الله خامنه‌ای به همراه عده‌ای از روحانیون مبارز مشهد در محکومیت این حادثه و تداوم نهضت اعلامیه‌ای صادر کردند[۱۱۶] .

http://farsi.khamenei.ir/themes/fa_def/images/home/rect-1-n.gif عضویت در شورای انقلاب
با شتاب گرفتن روند فروپاشی حکومت پهلوی و نمایان شدن نشانه‌های پیروزی نهایی نهضت اسلامی، امام خمینی در ۲۲ دی ۱۳۵۷ فرمان تشکیل شورای انقلاب اسلامی را صادر کردند[۱۱۷] . آیت‌الله خامنه‌ای که از سوی امام به عضویت آن شورا انتخاب شده بودند با نقش محوری که در تحولات انقلاب اسلامی در مشهد داشت، این شهر را ترک و  در اواخر دی ۱۳۵۷ به تهران آمد و در مدرسه‌ی رفاه مستقر شد و همگام با دیگر مبارزان، به‌ویژه آیات بهشتی، مطهری و مفتح برای تدارک مرحله‌ی نهایی پیروزی انقلاب اسلامی و برنامه‌ریزی برای آینده، نقش فعالی برعهده گرفت[۱۱۸] . پس از تشکیل کمیته‌ی استقبال از امام خمینی توسط شورای انقلاب اسلامی[۱۱۹] مسئولیت کمیته‌ی تبلیغات آن را عهده‌دار شد.

http://farsi.khamenei.ir/themes/fa_def/images/home/rect-1-n.gif تحصن در مسجد دانشگاه تهران
به دنبال بسته شدن فرودگاههای کشور به دستور بختیار و ممانعت از بازگشت امام خمینی به ایران، آیت‌الله خامنه‌ای به همراه آیت‌الله بهشتی و چند تن از روحانیون مبارز سرشناس در اعتراض به این اقدام دولت، در مسجد دانشگاه تهران تحصن عظیمی را سامان‌دهی کردند که با پیوستن سایر علما، دانشگاهیان و مردم ابعاد وسیعی به خود گرفت[۱۲۰].

شب قبل از آغاز تحصن، آیت‌الله بهشتی در بهشت‌زهرا سخنرانی کرد و آیت‌الله خامنه‌ای قطعنامه‌ای را که خود تهیه کرده بود برای مردم قرائت نمود و با این برنامه تحصن روز بعد در مسجد دانشگاه تهران قطعیت یافت. آیت‌الله خامنه‌ای در طول تحصن با تشکیل ستادی و با مشارکت برخی از مبارزین متحصن به اقداماتی دست زدند که عمده‌ترین آنها انجام سخنرانی، انتشار اعلامیه و انتشار نشریه‌ای به نام «تحصن» بود[۱۲۱] . متحصنان در روز هشتم بهمن با صدور اعلامیه‌ای تأکید کردند تا باز شدن فرودگاهها به روی امام خمینی به تحصن خود ادامه خواهند داد[۱۲۲] . این تحصن که تا صبح روز ۱۲ بهمن ادامه یافت[۱۲۳] ، مسجد دانشگاه تهران را به کانونی تأثیرگذار در روند مبارزه تبدیل کرد.

در لحظه‌ی تاریخی ورود امام خمینی به میهن در ۱۲ بهمن ۱۳۵۷ آیت‌الله خامنه‌ای، به همراه علما، روحانیون و مبارزان اسلامی برای استقبال از امام خمینی در فرودگاه مهرآباد حضور یافت. در طول دهه‌ی فجر انقلاب اسلامی، آیت‌الله خامنه‌ای همواره در کنار امام خمینی بود و در بسیاری از امور به ایشان مشورت می‌داد و همچنین مسئولیت کمیته‌ی تبلیغات دفتر امام را با هدف مقابله با توطئه‌های خبری و تبلیغاتی مخالفان داخلی و خارجی حکومت اسلامی، مقابله با فرصت‌طلبی‌های احزاب و گروههای گوناگون سیاسی، تنظیم و انتشار اخبار و انتشار نشریه‌ای به نام «امام» بر عهده داشت. خود نیز چند مقاله نوشت و در آن نشریه منتشر کرد[۱۲۴] .

۲.۳. دهه‌ی اول انقلاب اسلامی: بهمن ۱۳۵۷ - خرداد ۱۳۶۸
۱.۲.۳. فعالیت‌های سیاسی
http://farsi.khamenei.ir/themes/fa_def/images/home/rect-1-n.gif شورای انقلاب

یکی از نخستین عرصه‌های نقش‌آفرینی آیت‌الله خامنه‌ای در روند تکون نظام جمهوری اسلامی، عضویت و فعالیت در شورای انقلاب بود. این شورا پس از مهاجرت امام خمینی به فرانسه در مهر۱۳۵۷ و ظهور نشانه‌های پیروزی انقلاب اسلامی و ورود نهضت اسلامی به مرحله‌ی انقلاب با نظر امام خمینی از اوایل آبان شکل گرفت و اعضای آن توسط امام خمینی به‌تدریج انتخاب شدند، اما به لحاظ رعایت ملاحظات مختلف به‌صورت رسمی در آستانه‌ی پیروزی انقلاب در ۲۲ دی ۱۳۵۷ اعلام گردید[۱۲۵] .

نخستین اعضای شورا آقایان مرتضی مطهری، سید محمد حسینی بهشتی، سید عبدالکریم موسوی اردبیلی، محمدرضا مهدوی کنی، سیدعلی خامنه‌ای و محمدجواد باهنر و اکبر هاشمی رفسنجانی بودند. در ادامه کار شورا نیز افراد دیگری به عضویت آن درآمدند[۱۲۶] . آیت‌الله خامنه‌ای در اواخر دی ماه در این جلسات حضور پیدا کرد[۱۲۷] . شورا در این مقطع، تصمیم‌گیریهای مهم در مورد مبارزه را برعهده داشت. از جمله‌ی آنها مذاکره با مقامات حکومت پهلوی و مقامات کشورهای خارجی، از جمله آمریکا و نیز تشکیل کمیته‌ی استقبال از امام خمینی بود[۱۲۸] . اقدام مهم دیگر شورای انقلاب در مقطع قبل از پیروزی، معرفی مهدی بازرگان به عنوان رئیس دولت موقت به امام خمینی بود[۱۲۹] .

پس از پیروزی انقلاب آنچه برعهده شورای انقلاب قرار داشت عبارت بود از: قانون‌گذاری در غیاب قوه‌ی مقننه، انجام بخشی از وظایف قوه‌ی مجریه پس از ادغام دولت موقت و شورای انقلاب در تیر ۱۳۵۸ و انجام همه آن پس از استعفای دولت موقت در ۱۴ آبان ۱۳۵۸ تا پس از آن. در کنار این وظایف اصلی، مرجعی برای رفع معضلات و بحرانهای پیشِ رویِ نظام نوپای جمهوری اسلامی و مشاوره برای امام نیز بود[۱۳۰] . به رغم تغییر چندین‌باره ترکیب اعضای شورای انقلاب در ادوار چهارگانه‌ی آن تا پایان فعالیتش در ۲۹ تیر ۱۳۵۹ آیت‌الله خامنه‌ای عضو ثابت ان باقی ماند[۱۳۱] . ایستادگی در برابر نظرات و مواضع جهت‌دار اعضای موسوم به «لیبرال» شورا، هشدارهای مکرر نسبت به ضرورت جلوگیری از نفوذ اعضا و هواداران حزب توده ایران و دیگر احزاب و گروههای مخالف انقلاب اسلامی در ارتش و عرصه‌ی فرهنگ کشور از مواضع مهم وی در جلسات و تصمیمات شورا بود[۱۳۲] .

او معتقد بود که در شورای انقلاب باید از اقشار گوناگون جامعه نمایندهای حضور داشته باشد[۱۳۳] . مسائل کردستان، سیستان و بلوچستان و دیگر مناطق کشور و ضرورت حفظ وحدت از دیگر موضوعات مهم و مورد توجه وی در شورای انقلاب بود. او بر این عقیده بود که دولت موقت در قضیه کردستان ضعف نشان داده و باید آن را از راههای مختلف حل کرد و از سرایت آن به سایر مناطق قومی کشور جلوگیری نمود[۱۳۴] . در مورد منطقه‌ی سیستان و بلوچستان نیز براساس از تجربه‌ی حضورش در زمان تبعید و اطلاع از اوضاع سیاسی و اجتماعی آن منطقه، بر بهبود وضع اقتصادی و معیشتی مردم آن دیار تأکید داشت[۱۳۵]. در این زمینه در ۹ فروردین ۱۳۵۸ از سوی امام خمینی مأموریت یافت در رأس هیأتی عازم آن منطقه شود تا به خواستها و مشکلات مردم رسیدگی و در مورد وضعیت آن منطقه گزارشی تهیه کند[۱۳۶] . در این سفر، افزون بر مأموریت یادشده، با برخی از سران و متنفذین محلی منطقه دیدار و سیاستهای نظام جمهوری اسلامی را برای آنها تشریح و تبیین کرد.

حمایت از تأسیس و تقویت نهادهای انقلابی و مردمی چون سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و جهاد سازندگی از دیگر مواضع اصولی وی در شورای انقلاب بود[۱۳۷] .

http://farsi.khamenei.ir/themes/fa_def/images/home/rect-1-n.gif معاونت امور انقلاب وزارت دفاع ملی
با ادغام دولت موقت و شورای انقلاب در آخر تیر ۱۳۵۸ برخی اعضای شورای انقلاب از سوی آن شورا به برخی از وزارتخانه‌های حساس راه یافتند و از آن جمله آیت‌الله خامنه‌ای به معاونت امور انقلاب وزارت دفاع انتخاب گردید[۱۳۸] . همچنین در جریان ادغام شورای انقلاب و دولت موقت که با هدف تمرکز بیشتر در قوه‌ی مجریه صورت گرفت ایشان به عضویت کمیسیون وزرای امنیتی که سرپرستی و مسئولیت کلیه‌ی امور انتظامی، نظامی و امنیتی، از جمله بحران‌های گنبد، کردستان و خوزستان و مقابله با اقدامات احزاب و گروههای ضدانقلاب را بر عهده داشت، انتخاب گردید[۱۳۹] .

http://farsi.khamenei.ir/themes/fa_def/images/home/rect-1-n.gif سرپرستی سپاه پاسداران
از دیگر مأموریت‌های وی از طرف شورای انقلاب، مسئولیت مرکز اسناد و نیز سرپرستی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در ۳ آذر ۱۳۵۸ بود[۱۴۰] . وی قبل از این نیز به نمایندگی از سوی شورای انقلاب در برخی جلسات سپاه پاسداران شرکت می‌کرد. علت انتخاب او به سرپرستی سپاه، باقی ماندن پاره‌ای اختلافات در بدنه و سازمان سپاه بود که در ماههای پس از پیروزی انقلاب اسلامی شکل گرفته بود و با تلاشهای میانجیگرانه به نتیجه نرسیده بود[۱۴۱] . وی که از حامیان نیروهای نظامی مردمی، به‌ویژه سپاه بود، در مدت حضور در رأس آن نیرو سعی کرد علاوه بر رفع اختلافات موجود، سازمان مناسبی بدان بدهد. او در ۵ اسفند ۱۳۵۸ از مسئولیت سرپرستی سپاه به دلیل نامزدی در انتخابات نخستین دورۀ  مجلس شورای اسلامی استعفا داد[۱۴۲] .

http://farsi.khamenei.ir/themes/fa_def/images/home/rect-1-n.gif تاسیس حزب جمهوری اسلامی
آیت‌الله خامنه‌ای در ایام منتهی به پیروزی انقلاب اسلامی و پس از آن، هم‌زمان با حضور مؤثر در شورای انقلاب و تمشیت امور انقلاب در دوره‌ی گذار[۱۴۳] ، به‌همراه سید محمد حسینی بهشتی، اکبر هاشمی رفسنجانی، سید عبدالکریم موسوی اردبیلی و محمدجواد باهنر برای ایجاد تشکلی انقلابی فعالیت می‌کرد[۱۴۴] . این تشکل با نام حزب جمهوری اسلامی در ۲۹ بهمن ۱۳۵۷ رسماٌ اعلام موجودیت کرد اما پایه‌های تأسیس آن به جلساتی در مشهد در تابستان ۱۳۵۶ بر می‌گردد که در آن برخی از مبارزان از جمله مؤسسین بعدی حزب جمهوری اسلامی در صدد تشکیل مجمع و سازمان متشکلی برای فعالیت بر ضد حکومت پهلوی و توسعه اندیشه‌ی اسلامی بودند[۱۴۵] . بر این مبنا حزب در دوره فعالیت غیررسمی خود در ماههای منتهی به پیروزی انقلاب نقش مؤثری در برگزاری اجتماعات و سخنرانیها بر عهده داشت که فعالیت آیت‌الله خامنه‌ای در این زمینه قابل ملاحظه بود[۱۴۶] .

از دلایل تأسیس حزب جمهوری اسلامی می‌توان به پرکردن خلاء ناشی از فقدان تشکیلات منظم و روزآمد برای صیانت و حمایت از نظام نوپای جمهوری اسلامی، کمک به تداوم انقلاب و حفظ یکپارچگی و حضور مردم در صحنه، پی‌ریزی بنیانهای اساسی نظام جمهوری اسلامی، صیانت از محوریت نقش‌آفرینی امام خمینی در دوران پس از انقلاب، تعمیق اندیشه‌ی اصیل اسلامی در اذهان مردم، هدایت لحظه به لحظه‌ی سیاسی مردم، کمک برای تأمین نیروی انسانی دستگاه‌های اجرایی برای تحقق اهداف انقلاب اسلامی، موضع‌گیری صریح و صادقانه در برابر ترفندها و فریبهای دشمنان داخلی و خارجی اشاره کرد[۱۴۷] . وی از تهیه‌کنندگان مرامنامه‌ی حزب بود. در تقسیم‌بندی وظایف اعضا نیز وظیفه‌ی تبلیغات حزب را برعهده گرفت[۱۴۸] . ایشان عضو مؤسس و عضو شورای مرکزی حزب بود و در مجموع در دوره‌ی تأسیس حزب بیشتر نقش تبیینی ایفا کرد و مواضع حزب را به صورت گفتارها و جزوه‌هایی ارائه نمود. او در تأسیس شعبه‌ی حزب در مشهد نقش داشت و دفتر آن شعبه را در ۲۶ اسفند ۱۳۵۷ افتتاح کرد.

http://farsi.khamenei.ir/themes/fa_def/images/home/rect-1-n.gif دبیر کلی حزب جمهوری اسلامی
پس از آیت‌الله بهشتی و دکتر باهنر ـ اولین و دومین دبیرکل حزب ـ آیت‌الله خامنه‌ای در شهریور ۱۳۶۰ از سوی شورای مرکزی حزب به عنوان سومین دبیرکل حزب انتخاب شد[۱۴۹] . در سالهای پس از پیروزی انقلاب تا زمان تثبیت نظام جمهوری اسلامی در دهه‌ی ۱۳۶۰، حزب جمهوری اسلامی به مثابه رکن مهمی از حاکمیت خارج از ساختار سیاسی رسمی فعالیت می‌کرد و مقوم پایه‌های نظام جمهوری اسلامی بود[۱۵۰] .

ایشان حزب جمهوری اسلامی را نهادی ضروری جهت حفاظت از کلیت نظام نوپای جمهوری اسلامی می‌دانستند. نخستین کنگره‌ی حزب در اردیبهشت ۱۳۶۲ برگزار و آیت‌الله خامنه‌ای برای دومین بار به دبیرکلی حزب و عضویت شورای مرکزی[۱۵۱] و شورای داوری حزب[۱۵۲] انتخاب شد. وی در طول دوران ریاست جمهوری در جلسه‌های حزب جمهوری اسلامی در تهران و شهرستانها شرکت می‌کرد و ضمن تبیین مأموریتها و اهداف حزب، به پرسشهای دفاتر، شعب و اعضای حزب پاسخ می‌داد[۱۵۳] .

ایشان هم‌زمان با دوره‌ی دوم ریاست جمهوری نیز دبیرکلی حزب جمهوری اسلامی را بر عهده داشت. در این دوره فعالیتهای حزب به دلایل مختلف، از جمله: رفع بحرانهای سالهای اولیه‌ی انقلاب، تأسیس نهادها و سازمانهای مورد نیاز جمهوری اسلامی که حزب در تأسیس، تقویت و رشد آنها نقش مؤثری داشت، اشتغال شخصیت‌های محوری حزب از جمله آیت‌الله خامنه‌ای و هاشمی‌ رفسنجانی در مشاغل مهم نظام در کنار فقدان برخی از بنیانگذاران مؤثر آن، نارضایتی امام خمینی از تبدیل حزب از عامل وحدت‌بخش به عامل تفرقه و تشدید جناح‌بندیها در درون حزب، کاهش یافت و دیگر کارایی سالهای اولیه‌ی خود را نداشت[۱۵۴] . لذا آیت‌الله خامنه‌ای و هاشمی رفسنجانی در اوایل خرداد ۱۳۶۶ با نگارش نامه‌ای به امام خمینی و ذکر دلایل یادشده، به ویژه پیدایش و تشدید جناح‌بندی در درون حزب و خطر آن برای وحدت و انسجام جامعه، خواستار تعطیلی فعالیتهای آن شدند[۱۵۵] . امام ‌خمینی نیز در ۱۱ خرداد ۱۳۶۶ با این درخواست موافقت کرد و متعاقب آن فعالیتهای حزب تعطیل شد[۱۵۶] .

http://farsi.khamenei.ir/themes/fa_def/images/home/rect-1-n.gif امامت جمعه‌ی تهران
امام خمینی در ۲۴ دی ۱۳۵۸ آیت‌الله خامنه‌ای را با اشاره به حسن سابقه و شایستگی در علم و عمل به امامت جمعه تهران منصوب کردند[۱۵۷] . ایشان نخستین نماز جمعه را در ۲۸ دی ۱۳۵۸ امامت کردند[۱۵۸] . از این تاریخ تا واقعه‌ی ۶ تیر۱۳۶۰ که در مسجد ابوذر تهران به ایشان سوء قصد و بر اثر آن به شدت مجروح گردیدند، به جز مقطع ۲۱ بهمن  تا ۶ اسفند ۱۳۵۹ که در جریان سفری تبلیغی در هندوستان به سر میبرد، نماز جمعه‌ی تهران را اقامه کردند[۱۵۹] . پس از آن نیز همواره این سمت را بر عهده داشت.

اقدام مهم و ابتکاری وی در مورد نماز جمعه، پیشنهاد برگزاری سمینارهای ائمه‌ی جمعه به منظور انسجام شبکه‌ی امامان جمعه در داخل کشور و جهان اسلام بود که پس از موافقت امام خمینی، نخستین سمینار در مدرسه‌ی فیضیه‌ی قم برگزار شد و پس از آن سمینارهای متعددی نیز برگزار شد[۱۶۰] . وی در خطبه‌های نماز جمعه به عنوان یک تریبون اثرگذار، مهم‌ترین و قاطع‌ترین مواضع اصولی و راهبردی نظام جمهوری اسلامی را ارائه کرده و همچنین، به تعمیق اندیشه دینی و بینش و بصیرت سیاسی جامعه پرداخته است. اهتمام به خطبه‌های عربی نیز که مخاطب آن مسلمانان جهان اسلام بود، از ویژگی‌های خطبه‌های ایشان بوده است.

http://farsi.khamenei.ir/themes/fa_def/images/home/rect-1-n.gif نمایندگی در مجلس شورای اسلامی
آیت‌الله خامنه‌ای پس از نامزدی برای انتخابات نخستین دوره قانون‌گذاری مجلس شورای اسلامی در اسفند ۱۳۵۸، از سوی ائتلاف بزرگ نیروهای خط امام شامل جامعه‌ی روحانیت مبارز تهران، حزب جمهوری اسلامی و چندین سازمان و گروه اسلامی دیگر در انتخابات مجلس شورای اسلامی حمایت شد[۱۶۱] و از حوزه‌ی انتخابیه‌ی تهران وارد مجلس شد. در مجلس، عضو و رئیس کمیسیون امور دفاعی بود.

در مدت ریاست ایشان طرحها، لوایح و موضوعات متعددی در آن کمیسیون بررسی شد که از مهم‌ترین آنها می‌توان تأمین نیازمندیهای استخدامی سپاه پاسداران، ادغام سازمان بسیج مستضعفین در سپاه پاسداران، مسئله‌ی کردستان، مسائل مرزی، مسئله‌ی بلوچستان و سازمان‌دهی نوین ارتش را نام برد[۱۶۲] . از موضع‌گیریهای مهم وی در طول نمایندگی می‌توان به صحبت‌های مهم و مستند او در موافقت با طرح عدم کفایت سیاسی بنی‌صدر برای ریاست جمهوری اشاره کرد[۱۶۳] . با آغاز جنگ ایران و عراق در ۳۱ شهریور ۱۳۵۹ و به سبب حضور در جبهه‌های جنگ، در جلسات مجلس شورای اسلامی کمتر حضور یافت و پس از جراحت شدید در ۶ تیر ۱۳۶۰ در موارد معدود در آن حاضر شد. با انتخاب به مقام ریاست جمهوری در مهر ۱۳۶۰ قوه‌ی مقننه را ترک گفت.

http://farsi.khamenei.ir/themes/fa_def/images/home/rect-1-n.gif حضور در دفاع مقدس
آیت‌الله خامنه‌ای از نخستین ساعات آغاز جنگ ایران و عراق، در تدبیر مسائل جنگ بصورت فعالانه به ایفای نقش پرداخت. 
http://farsi.khamenei.ir/ndata/news/5467/jang.jpg
ساعاتی پس از شروع حمله به خاک کشورمان اولین اطلاعیه در مورد تجاوز ارتش بعث عراق به ایران را تهیه و از رادیو به اطلاع مردم رساند[۱۶۴] . در دومین روز شروع جنگ در جلسه‌ای که در ستاد مشترک ارتش برای بررسی چگونگی برخورد با تجاوز نظامی عراق تشکیل شد، حضور یافت. و آنگاه  که قرار شد یک نفر از آنها برای بررسی مسئله به جبهه‌های جنگ برود، نخستین کسی که این پیشنهاد را پذیرفت آیت‌الله خامنه‌ای بود[۱۶۵] . در ۵ مهر ۱۳۵۹ پس از اجازه امام خمینی در کسوت یک نظامی، در جبهه‌های جنگ حضور یافت[۱۶۶] تا گزارشی از وضعیت جبهه‌ها و امکانات نیروهای ایرانی منطقه‌ی مورد تجاوز نیروهای عراقی تهیه نموده و به سازمان‌دهی نیروها برای مقابله با دشمن کمک کند[۱۶۷] . بر این اساس عازم جبهه جنوب شد و در عقب‌راندن نیروهای متجاوز عراق از منطقه‌ی عمومی اهواز و همچنین عملیات شکست حصر سوسنگرد در ۲۶آبان ۱۳۵۹، نقش محوری و راهبردی ایفا نمودند و همچنین در اوایل بهار سال ۱۳۶۰ در جبهه‌ غرب نیز حضور داشتند ولی حضور جز برای اقامه نماز جمعه تهران، دیدار و گزارش به امام یا جلسات ضروری و سفرها و سخنرانی‌های لازم، مستمر بود[۱۶۸] .

وی در چندین عملیات نظامی و یا طراحی آن شرکت کرد. پشتیبانی و تأمین نیازهای تسلیحاتی و تدارکاتی نیروهای بسیجی و سپاهی از دیگر فعالیتهای ایشان در صحنه‌ی نبرد بود. بیشتر وقت وی در جبهه‌ها صرف هدایت، پشتیبانی و طراحی عملیات ستاد جنگهای نامنظم ــ که توسط ایشان و شهید مصطفی چمران تشکیل شده بود ــ می‌شد[۱۶۹] . از اقدامات ویژه‌ی این ستاد که آیت‌الله خامنه‌ای مستقیماً در آن نقش داشت، تشکیل گروههای نظامی مخصوص شکار تانک بود. در پشتیبانی از جبهه‌های خرمشهر، آبادان و سوسنگرد نقش مؤثری داشت و در تقویت نیروهای نظامی مردمی مثل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و بسیج و تهیه‌ی نیازمندیهای فنی و تجهیزاتی آنها نقش بسیاری ایفا نمود[۱۷۰] . از دیگر تلاش‌های ایشان ایجاد هماهنگی بین سپاه و ارتش در جبهه‌ها و عملیات نظامی بود[۱۷۱] .

http://farsi.khamenei.ir/themes/fa_def/images/home/rect-1-n.gif نمایندگی امام در شورای عالی دفاع
به فرمان امام خمینی در ۲۰ مهر ۱۳۵۹ شورای عالی دفاع عهده‌دار کلیه‌ی امور جنگ شد[۱۷۲] و آیت‌الله خامنه‌ای که براساس حکم امام در ۲۰ اردیبهشت ۱۳۵۹ نماینده‌ی ایشان در این شورا[۱۷۳] و نیز سخنگوی آن بود[۱۷۴] . در این مدت مشاور امام خمینی در امور و مسائل جنگ نیز بود[۱۷۵] . وی معمولاً در پایان جلسه‌های شورای عالی دفاع درباره‌ی مباحث و تصمیمات شورا مصاحبه‌ی مطبوعاتی انجام می‌داد و تصمیمات شورا را به اطلاع مردم می‌رسانید[۱۷۶] .

http://farsi.khamenei.ir/themes/fa_def/images/home/rect-1-n.gif عملیات شکست حصر آبادان
در عملیات شکستن حصر آبادان[۱۷۷] حضور مستقیم داشت و در مورد خرمشهر نیز اعتقاد داشت که با اتخاذ تدابیر نظامی درست می‌توان از سقوط آن جلوگیری کرد. حتی در این زمینه نامه‌ای به ابوالحسن بنی‌صدر، رئیس جمهور و فرمانده کل قوای وقت نوشت و هشدار داد که در صورت استقرار دو تیپ زرهی در اطراف خرمشهر، می‌توان از سقوط شهر جلوگیری به عمل آورد. اما، بنی‌صدر به آن هشدار توجهی نکرد[۱۷۸] .

اندکی پس از آغاز جنگ گروهی از شخصیتها و سازمانهای بین‌المللی و نیز برخی از کشورها برای ایجاد صلح بین دو کشور، به فعالیت‌هایی دست زدند. آیت‌الله خامنه‌ای در این مورد اعتقاد داشت تا زمانی که عراق شروط اصلی ایران شامل عقب‌نشینی به مرزهای بین‌المللی، پرداخت خسارت و تنبیه متجاوز را نپذیرد، صلحی پدید نخواهد آمد و اگر عراق این شروط را نپذیرد آن را به زور از سرزمینهای خود بیرون می‌کنیم. همچنین معتقد بود که صلح تحمیلی بدتر از جنگ است[۱۷۹] . با وجود این تردد هیئتهای صلح را از این نظر که باعث روشن شدن ابعاد جنایات صدام حسین و نیروهای او علیه مردم ایران شد و به اثبات مظلومیت ایران و تجاوزگری صدام کمک می‌کرد، مفید می‌دانست[۱۸۰] .

http://farsi.khamenei.ir/themes/fa_def/images/home/rect-1-n.gif جنگ، مهمترین موضوع دوران ریاست جمهوری
در دو دوره‌ی ریاست جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای، جنگ در رأس امور و مهم‌ترین موضوع کشور بود. از ۱۳۶۰ تا ۱۳۶۴ تحولاتی در صحنه‌ی جنگ پیش‌ آمد و در مجموع موازنه در جبهه‌های جنگ به سود ایران تغییر یافت. نیروهای عراقی از بیشتر سرزمین‌های اشغال‌شده بیرون رانده شدند و با وحدت‌نظر مسئولان ارشد کشور ازجمله آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان رئیس شورای عالی دفاع  سلسله عملیات‌های نظامی، طراحی و اجرا شد. هم‌زمان با آن تحولات، حضور دیپلماتیک ایران در عرصه‌ی بین‌المللی نیز بیشتر و فعال‌تر شد.

ایشان طی هفت سال از مجموع هشت سال دوران ریاست جمهوری خود که مقارن با جنگ بود، بخش زیادی از مذاکرات خارجی خود را به مذاکره با هیئتهای حسن‌نیت صلح که از سوی سازمانهای بین‌المللی، اسلامی و منطقه‌ای و یا با شخصیتهای مهم بین‌المللی و منطقه‌ای که مأموریت میانجی‌گری داشتند، اختصاص دادند. در دوره ریاست جمهوری به دلیل مخالفت امام با حضور در جبهه‌های جنگ، به برخی حضورها و بازدیدهای محدود اکتفا کردند اما در مقطع پایانی جنگ و پس از قبول قطعنامه وضعیت وخیم جبهه‌ها ایشان را ناگزیر کرد پس از کسب موافقت امام خمینی برای ایجاد تحولی عظیم به جبهه‌ها رهسپار شود.

همچنین که آیت‌الله خامنه‌ای در دوره ریاست جمهوری رئیس شورای عالی پشتیبانی جنگ بود. این شورا به دلیل شرایط خاص جنگ در سال ۱۳۶۵ و به منظور به‌کارگیری هرچه بهتر امکانات کشور در خدمت جنگ و انجام اقدامات مؤثر در بسیج نیروها و امکانات برای رفع نیازمندیهای جبهه‌های جنگ تشکیل شد[۱۸۱] . امام خمینی در پاسخ به استعلام ایشان در ۱۹ بهمن ۱۳۶۶ مصوبات آن شورا را تا پایان جنگ لازم‌الاجرا اعلام کرد[۱۸۲] .

در تابستان ۱۳۶۷ و در آخرین سال ریاست جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای، و با پذیرش قطعنامه ۵۹۸ توسط ایران جنگ عراق با ایران به پایان رسید. پس از پذیرش قطعنامه ۵۹۸ از سوی حضرت امام خمینی (ره) و پیش از اعلام رسمی آن، جلسه‌ای به ریاست آیت‌الله خامنه‌ای و با حضور مسؤولان عالی‌رتبه نظام برای تبیین عوامل و دلایل پذیرش قطعنامه از سوی امام برگزار گردید.

امام خمینی در پیامی به مردم ایران قبول قطعنامه را مسئله‌ای بسیار تلخ و ناگوار و صرفاً به دلیل مصلحت انقلاب و نظام جمهوری اسلامی ایران اعلام کرد: «قبول این مسئله برای من از زهر کشنده‌تر است؛ ولی راضی به رضای خدایم و برای رضایت او این جرعه را نوشیدم... در قبول این قطعنامه فقط مسئولین کشور ایران به اتکای خود تصمیم گرفته‌اند. و کسی و کشوری در این امر مداخله نداشته است» [۱۸۴] . به دنبال این تصمیم آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان رئیس‌جمهور در نامه‌ای در تاریخ ۲۷ تیر ۱۳۶۷ به دبیرکل وقت سازمان ملل متحد، خاویر پرز دکوئیار، پذیرش قطعنامه‌ی ۵۹۸ سازمان ملل از سوی ایران را اعلام کرد[۱۸۵] .

۲.۲.۳. فعالیتهای ارشادی و تبیینی
بخش مهمی از فعالیتهای سیاسی و مذهبی آیت‌الله خامنه‌ای از پیروزی انقلاب اسلامی تا انتخاب به ریاست جمهوری، فعالیتهای ارشادی به منظور نهادینه کردن و تثبیت نظام جمهوری اسلامی بود.

http://farsi.khamenei.ir/themes/fa_def/images/home/rect-1-n.gif توصیه امام به دانشجویان برای رجوع به آیت‌الله خامنه‌ای
به دنبال شهادت آیت‌الله مرتضی مطهری و خلائی که از فقدان وی در میان دانشجویان و دانشگاهیان پدید آمده بود، امام خمینی در ۲۳ خرداد ۱۳۵۸ طی سخنانی در جمع دانشجویان، آیت‌الله خامنه‌ای را فردی فهیم و سخنور نامیده و مرجع رسیدگی به مسائل فکری و عقیدتی دانشجویان و مقابله با تبلیغات احزاب و گروههای مخالف نظام جمهوری اسلامی، به‌ویژه مارکسیستها در محیط دانشگاهی تعیین کرد[۱۸۶] .

وی از این تاریخ تا شروع جنگ ایران و عراق در ۳۱ شهریور ۱۳۵۹ روزهای دوشنبه در مسجد دانشگاه تهران در جمع دانشجویان حضور می‌یافت و ضمن اقامه جماعت نماز ظهر و عصر و ایراد سخنرانی در موضوعات مهم روز، به پرسشهای فکری و سیاسی آنها پاسخ می‌داد. این جلسات بعدها در مساجد مهم تهران ادامه پیدا کرد. حادثه سوء‌قصد به ایشان در مسجد اباذر در خلال یکی از از همین جلسات رخ داد[۱۸۷] .

http://farsi.khamenei.ir/themes/fa_def/images/home/rect-1-n.gif جلوگیری از انحلال مجلس خبرگان قانون اساسی
اقدام دیگر او مقابله با تلاشهایی بود که از سوی برخی از اعضای دولت موقت برای انحلال مجلس خبرگان قانون اساسی در حال شکل‌گیری بود. بدین نحو که نامهای به امضای پانزده نفر از وزیران و اعضای دولت موقت تهیه شده بود و در نظر داشتند قبل از اطلاع امام خمینی و اظهار نظر ایشان، انحلال مجلس مزبور را به مردم اطلاع دهند و اگر امام خمینی مخالفتی کرد به صورت دسته‌جمعی استعفا کنند[۱۸۸] .

آیت‌الله خامنه‌ای که از سوی شورای انقلاب در جلسه‌ی هیأت وزیران شرکت می‌کرد، بعد از طرح نامه‌ی مذکور در جلسه به شدت با آن مخالفت نمود و بر ضرورت اطلاع امام خمینی پیش از انتشار آن تأکید ورزید. امام خمینی نیز، پس از آگاهی از موضوع، با درخواست آنان مخالفت نمود و بر ادامه‌ی کار قانونی مجلس خبرگان قانون اساسی تأکید کرد[۱۸۹] .

http://farsi.khamenei.ir/themes/fa_def/images/home/rect-1-n.gif سفر تبلیغی به هند
در دومین سالگرد پیروزی انقلاب اسلامی که مقارن با آغاز قرن پانزدهم هجری قمری نیز بود بنا به تصمیم شورای عالی تبلیغات اسلامی، هیئتهای گوناگونی از طرف نظام جمهوری اسلامی به کشورهای مختلف جهان عزیمت کردند تا مواضع و دیدگاههای جمهوری اسلامی ایران و ویژگی‌های انقلاب اسلامی را برای ملتها، به ویژه ملتهای مسلمان تشریح و تبیین کنند. آیت‌الله خامنه‌ای سرپرستی هیئت اعزامی به هندوستان را بر عهده گرفت.

ایشان به مدت دو هفته در اواخر بهمن و اوایل اسفند ۱۳۵۹ به شهرهایی چون دهلی‌نو، حیدرآباد، بنگلور[۱۹۰] و منطقه‌ی کشمیر[۱۹۱] سفر کرد و در سخنرانیها، ‌دیدارها و گفت‌وگوها و مصاحبه‌های مطبوعاتی به‌ویژه با اصحاب مطبوعات محلی، دانشجویان و استادان دانشگاهها، تشکلها و شخصیتهای اسلامی و شیعیان هند چهره‌ی واقعی انقلاب اسلامی ایران و نظام جمهوری اسلامی و مسائل مهم آن، به ویژه جنگ با عراق را تشریح و بیان کرد[۱۹۲] . همچنین، با خانم گاندی نخست‌وزیر هند ـ که از شخصیت‌های معتبر و موجه بین‌المللی بود ـ دیدار و گفتگو کرد[۱۹۳] .

http://farsi.khamenei.ir/themes/fa_def/images/home/rect-1-n.gif مقابله با لیبرال‌ها و بنی‌صدر
یکی از مسائل مهم جامعه‌ی ایران در سالهای اولیه پس از پیروزی انقلاب اسلامی وجود و فعالیت دو جناح تأثیرگذار موسوم به نیروهای خط امام و لیبرالها در ساختار سیاسی رسمی کشور بود. بیشتر یاران، نزدیکان و مشاوران امام خمینی از جمله آیت‌الله خامنه‌ای در جناح نیروهای خط امام قرار داشتند. چهره‌ی شاخص جناح لیبرال که از لحاظ فکری و بینش سیاسی تعارض‌های زیادی با نیروهای خط امام داشت، ابوالحسن بنی‌صدر بود.

آیت‌الله خامنه‌ای، بنی‌صدر را نماینده‌ی جریانی می‌دانست که عامل تفرقه و درگیری در سطح مسئولان ارشد کشور و در نتیجه سبب تفرقه و تشتت در جامعه بود[۱۹۴] . اما با وجود اختلاف ‌نظر اساسی با بنی‌صدر و جریان همفکر و حامی او، به منظور حفظ وحدت در جامعه و تأکید امام خمینی بر آن، مخالفت خود را در محافل عمومی ابراز نمی‌کرد. در برخی موارد نیز داوری نزد امام خمینی می‌برد. پس از انحراف واضح بنی‌صدر از ماهیت انقلاب اسلامی و قانون اساسی و پس از طرح عدم کفایت سیاسی وی برای ریاست جمهوری در مجلس شورای اسلامی در ۳۰ خرداد ۱۳۶۰، آیت‌الله خامنه‌ای در موافقت با طرح نطق مشروح و مؤثری را ایراد کرد[۱۹۵] .

آیت‌الله خامنه‌ای از ۱۳۵۸ تا اول تیر ۱۳۶۰ در موارد گوناگون علیه جناح لیبرال‌ و ملی‌گرا موضع مخالف گرفت. وی با حفظ دفتر مستشاری نظامی امریکا در ایران و تغییر نام آن از سوی دولت موقت مخالفت کرد[۱۹۶] . در مورد انتخاب وزیران، معاونان وزراء و مسئله‌ی پاکسازی در ادارات و سازمانهای دولتی نیز با انتخاب افرادی که در خط انقلاب نبودند و طرف‌دار خط سازش با امریکا و یا رابطه داشتن با کشورهای مرتجع عرب و مواردی از این دست بودند، مخالفت می‌کرد[۱۹۷] .

۳.۲.۳. ترور نافرجام توسط منافقین
آیت‌الله خامنه‌ای در ۶ تیر ۱۳۶۰ و در حال سخنرانی پس از نماز ظهر در مسجد ابوذر، واقع در یکی از مناطق جنوب تهران، در اثر انفجار بمبی که در ضبط صوت کار گذاشته شده بود به شدت زخمی شد[۱۹۸] . امام خمینی، در پیامی خطاب به ایشان توطئه‌ی سوء‌قصد به جان وی را محکوم کرد و از ایشان تجلیل نمود[۱۹۹] . بر اثر این سوء قصد، ایشان از ناحیه‌ی سینه، کتف و دست راست آسیب جدی دید. گزارشهای غیررسمی مسبب این حادثه را سازمان مجاهدین خلق ایران دانسته‌اند[۲۰۰] . آیت‌الله خامنه‌ای اولین فردی بود که در حوادث و جریانات پس از عزل بنی‌صدر از فرماندهی کل قوا و ریاست جمهوری ترور شد. در ۱۸ مرداد ۱۳۶۰ از بیمارستان مرخص شد و مجدداً ‌به صحنه‌ی اجتماع و سیاست بازگشت و از ۲۶ مرداد ۱۳۶۰ در جلسات مجلس شورای اسلامی حاضر شد[۲۰۱] .