۳. دوران ریاست جمهوری
دور اول - انتخاب به عنوان ریاست جمهوری با ۹۵ درصد آرا
پس از شهادت محمدعلی رجایی ـ دومین رئیس جمهور اسلامی ایران ـ شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی و نیز جامعه مدرسین حوزه علمیه قم به اتفاق آرا و علیرغم مخالفت ایشان، وی را به عنوان نامزد ریاست جمهوری انتخاب کردند و امام خمینی که سابقاً با تصدی روحانیون برای ریاست جمهوری موافق نبودند با نامزدی ایشان موافقت کردند[۲۰۲] .
پس از نامزدی و اعلام صلاحیت توسط شورای نگهبان، گروه‌ها و شخصیت‌های مختلف از ریاست جمهوری ایشان حمایت کردند. از مهم‌ترین حامیان آیت‌الله خامنه‌ای ائتلاف گروههای خط امام بود[۲۰۳] . انتخابات در ۱۰ مهر ۱۳۶۰ برگزار شد و آیت‌الله خامنه‌ای با کسب اکثریت مطلق آراء (۱۱/۹۵ درصد) به عنوان رئیس‌جمهور انتخاب شد[۲۰۴] . در ۱۷ مهر ۱۳۶۰ امام خمینی حکم ریاست جمهوری ایشان را تنفیذ کرد[۲۰۵] و در ۲۱ مهر به عنوان سومین رئیس‌جمهور اسلامی ایران در مجلس شورای اسلامی سوگند یاد کرد[۲۰۶] .
پس از نامزدی و اعلام صلاحیت توسط شورای نگهبان، گروه‌ها و شخصیت‌های مختلف از ریاست جمهوری ایشان حمایت کردند. از مهم‌ترین حامیان آیت‌الله خامنه‌ای ائتلاف گروههای خط امام بود[۲۰۳] . انتخابات در ۱۰ مهر ۱۳۶۰ برگزار شد و آیت‌الله خامنه‌ای با کسب اکثریت مطلق آراء (۱۱/۹۵ درصد) به عنوان رئیس‌جمهور انتخاب شد[۲۰۴] . در ۱۷ مهر ۱۳۶۰ امام خمینی حکم ریاست جمهوری ایشان را تنفیذ کرد[۲۰۵] و در ۲۱ مهر به عنوان سومین رئیس‌جمهور اسلامی ایران در مجلس شورای اسلامی سوگند یاد کرد[۲۰۶] .
